Монографии:

• Кондратьев С.А. Формирование внешней нагрузки на водоемы: проблемы моделирования. – СПб.: Наука, 2007. С. 255.

Коллективные монографии:

• Кондратьев С.А., Назарова Л.Е., Шмакова М.В., Бовыкин И.В. Оценка изменений стока на водосборе Онежского озера в результате возможных изменений климатических параметров (по данным математического моделирования), Санкт-Петербург, Изд-во «Лема», 2007, 30 с.
• Алхименко А.П., Хаутиев Ю.С., Цветков В.Ю. Экологическая безопасность и охрана окружающей среды в строительстве. СПб.: ИПК «Прикладная экология», ИНОЗ РАН, 2007. – 128 с.

Сборники:

• Биоиндикация в мониторинге пресноводных экосистем. Сборник материалов международной конференции. ИНОЗ РАН. Изд. «ЛЕМА». 2007. – 338 с.
• Водные ресурсы суши в условиях изменяющегося климата. Сборник научных трудов. – СПб.: Наука, 2007. – 248 с.
• Теория и практика восстановления внутренних водоемов. – СПб.: Изд-во «ЛЕМА», 2007. – 394 с.
• Природная среда и биологическое разнообразие архипелага Березовые острова (Финский залив. – СПб., 2007. – 368 с.

Учебные пособия:

• Крылова Ю.В., Курашов Е.А. Методические указания к проведению летней учебной полевой практики по исследованию внутренних водоемов северо-западного региона России: Метод. Пособие. – СПб., 2007. – 81 с.
• Науменко М.А. Эвтрофирование озер и водохранилищ. Российский государственный гидрометеорологический университет. 2007. – 108 с.

Статьи:

• Андроникова И.Н., Распопов И.М. Зоны экологического риска в прибрежных районах Ладожского озера. // Биология внутренних вод. 2007. № 2. С. 3-10.
• Генкал С.И., Трифонова И.С. Материалы к флоре Bacillariophyta реки Нарвы и Нарвского водохранилища (Северо-Запад России). 2. Pennatophyceae // Ботанич. журн. 2007. Т. 92. № 11.
• Кондратьев С.А., Расплетина Г.Ф., Вирккала Р.-С., Лыскова У.С. Фосфорный баланс водной системы Ладожского озера и Невской губы под влиянием естественных и антропогенных факторов // Известия РГО. 2007. Т. 139, № 5. С. 46-51.
• Кондратьев С.А., Расплетина Г.Ф., Алябина Г.А., Лыскова У.С., Маркова Е.Г. Имитационное моделирование как средство решения проблем рационального водопользования в глобализирующемся мире (на примере водной системы Ладожского озера и Невской губы) // Региональная экология. СПб., 2007. № 1-2.
• Кондратьев С.А., Сорокин И.Н., Алябина Г.А., Моисеенков А.И., Маркова Е.Г., Лыскова У.С. Оценка выноса органического углерода и общего фосфора в бассейне Ладожского озера и Невской губы // Известия РГО. 2007. Т. 139, № 4. С. 82-89.
• Крылова Ю.В., Коркишко Н.Н., Курашов Е.А., Протопопова Е.В. Роль метаболитов фитопланктона в формировании зон поверхностных неоднородностей воды в Ладожском озере: значение для анализа данных дистанционного зондирования. // Исследование Земли из космоса. М.: Наука, 2007. № 2. С. 56-61.
• Кудерский Л.А. Пути формирования ихтиофауны Ладожского озера // Общество, среда, развитие. СПб., 2007. № 3 (4). С. 102-110.
• Кудерский Л.А. Формы рыбного хозяйства во внутренних водоемах и их связь с экологическими ограничениями // Рыбоводство и рыбное хозяйство. 2007. № 7. С. 2-4.
• Кудерский Л.А. Речная минога (Lampetra fluviatilis [Linnaeus, 1758]) восточной части Финского залива Балтийского моря // Сб. научн. трудов ГосНИОРХ. СПб., 2007. Вып. 337.
• Кудерский Л.А., Шурухин А.С., Попов А.Н., Богданов Д.В., Яковлев А.С. Рыбное население Невской губы // Сб. научн. трудов ГосНИОРХ. СПб., 2007. Вып. 336. С. 9-35.
• Науменко М.А. Пространственное распределение и многолетние тренды прозрачности воды Ладожского озера // Метеорология и гидрология. М., 2007. № 9. С. 84-89.
• Павлова О.А., Афанасьева А.Л. Структура и продуктивность фитопланктона малых водоемов Санкт-Петербурга // Состояние, охрана, воспроизводство и устойчивое использование биологических ресурсов внутренних водоемов: Материалы междунар. научно-практ. конф. Волгоград, 2007. С. 222-224.
• Прыткова М.Я., Виноградова О.М. Районирование бассейна Ладожского озера по условиям формирования годового стока рек // География и природные ресурсы. 2007. № 1. С. 76-83.
• Румянцев В.А., Драбкова В.Г. Формирование качества воды Ладожского озера в современных условиях как основа его природных ресурсов // Исследования по ихтиологии и смежным дисциплинам на внутренних водоемах в начале XXI в. : Сб. научн. трудов ГосНИОРХ. СПб., 2007. Вып. 337.
• Румянцев В.А., Ефимова Л.К., Голицын Г.С., Хон В.Ч., Лыскова У.С. Моделирование температурно-влажностного режима водосбора Ладожского озера // Известия РАН. Серия географическая. 2007. № 1. С. 130-135.
• Румянцев В.А., Поздняков Ш.Р., Латыпова В.З., Степанова Н.Ю., Минакова Е.А. Восстановление внутригородских водоемов с использованием современных методов оптимизации // Журнал экологии и промышленной безопасности. Казань, 2007. № 3 (33).
• Станиславская Е.В. Использование зеленых нитчатых водорослей для оценки и охраны водоемов // Состояние, охрана, воспроизводство и устойчивое использование биологических ресурсов внутренних водоемов : Материалы междунар. научно-практ. конф. Волгоград, 2007. С. 254-256.
• Субетто Д.А., Сапелко Т.В., Столба В.Ф. Палеолимнологические исследования в Крыму // Природа. М., 2007. № 12. С. 61-62.
• Чеботарев Е.Н. Бактериопланктон озера Радек. // Проблемы Арктики и Антарктики. 2007. № 3.
• Golosov S., Maher O.A., Shipunova E., Terzhevik A., Zdorovennova G., Kirillin G. Physical background of the development of oxygen depletion in ice-covered lakes. // Occologia. Springer Verlag, 2007. Vol. 151. P. 331-340.
• Kondratyev S., Ignatieva N. An assessment of the nutrient load on the Russian part of the catchment of the Gulf of Finland and nutrient budget for Lake Ladoga. // Finnish Environment. 2007. Vol. 15. P. 22-25.
• Naumenko M., Karetnikov S., Guzivaty V. Thermal regime of Lake Ladoga as typical dimictic lake // Limnological Review. 2007. Vol. 7. No. 2. P. 63-70.
• Pitkanen H., Frumin G., Kondratyev S., Raike A., Basova S., Ignatieva N. The load of nitrogen and phosphorus into the Gulf of Finland. // Finnish Environment. 2007. Vol. 15. P. 16-19.
• Trifonova I., Pavlova O., Rusanov A. Phytoplankon as an indicator of water quality in the rivers of the Lake Ladoga basin and its relation to environmental factors // Arch. Hydrobiol. Suppl. 2007. Bd. 167, No 3-4. S. 527-549.
• Wohlfarth B., Lacourse T., Bennike O., Subetto D., Filimonova L., Tarasov P., Sapelko T., Demidov I. Review Article: Climatic and environmental changes in NW Russia between 15,000 and 8000 cal yr BP // Quaternary Science Review 26. 2007. P. 1871-1883.